Nunca deberías dudar entre el término sustituyen y el término zuztituyen cuando quieras escribir, dado que solo hay una manera viable de escribir este término de forma correcta, y es: sustituyen. El término zuztituyen simplemente no se encuentra en el diccionario de la RAE.
Lo que deberías tener presente es que el error con las palabras que llevan las letras ‘x’ o ‘s’ suele venir de que, aun cuando supuestamente deben pronunciarse de forma diferenciada, la mayoría de hispanohablantes pronuncia la letra ‘x’ como si fueran /s/. A pesar de todo, pronunciar de esta forma tan solo está aceptada por la RAE cuando la ‘x’ se encuentra al inicio de la palabra o finalizando una sílaba, y nunca jamás entre dos vocales, que es cuando se hace necesario evitar la pronunciación /s/ y debe ser pronunciada como /k+s/ o /g+s/. Usualmente las dudas en el momento de escribir resultan de una {mala pronunciación|pronunciación equivocada, por tanto, escuchar atentamente cómo se pronuncian correctamente los vocablos nos puede ayudar a escribir de un modo adecuado y recordar cuándo hay que escribir ‘x’ y cuándo ‘s’.
Recuerda que la confusión con las palabras que llevan ‘x’ o ‘s’ se debe a que, por más que teóricamente tienen que pronunciarse de manera diferenciada, una parte importante de personas que hablan español pronuncia la letra ‘x’ como si fuesen /s/. Pese a todo, esta manera de pronunciar solamente está bien cuando la ‘x’ se encuentra al principio del término o finalizando una sílaba, y nunca entre dos vocales, que es cuando es preciso evitar el sonido /s/ y debe ser pronunciada como /k+s/ o /g+s/. Usualmente las dudas en el momento de escribir nacen de una {mala pronunciación|pronunciación desacertada, por lo que escuchar la forma en que se pronuncian adecuadamente las palabras nos puede ayudar a escribir correctamente y ser capaces de saber cuándo se tiene que escribir ‘x’ y cuándo ‘s’.
Igualmente quisiéramos, proponerte un ejercicio muy conveniente para que recuerdes siempre cómo se escribe correctamente la palabra sustituyen, y nunca jamás tengas otra vez dudas entre sí esta palabra se escribe con ‘x’ o con ‘s’. El truco radica en formar una oración simple con el término sustituyen, incluyendo al final como conclusión ‘con s’ o ‘con x’, dependiendo de si la forma correcta de escribir el vocablo es con o con ‘x’. De este modo nunca te olvidarás, te lo aseguramos.