Nunca jamás deberías dudar entre agroecosistema y el término agroecoxixtema cuando debas escribir, debido a que solo existe una manera posible de escribir esta palabra con corrección, y es: agroecosistema. La palabra agroecoxixtema sencillamente no aparece en el diccionario de la Real Academia de la Lengua Española.
Hay algo que deberás tener siempre presente, y es que la confusión cuando debemos escribir ‘x’ o ‘s’ suele deberse a que, aun cuando supuestamente se tienen que pronunciarse de manera diferenciada, la mayoría de hablantes de lengua hispana pronuncia las ‘x’ como si fueran /s/. No obstante, esta manera de pronunciar tan solo se considera correcta cuando la ‘x’ se encuentra al inicio del vocablo o a final de sílaba, y en ningún caso entre dos vocales, que es cuando es preciso evitar la pronunciación /s/ y pronunciarse como /k+s/ o /g+s/. Usualmente las dudas sobre cuándo escribir ‘s’ o ‘x’ resultan de una {mala pronunciación|pronunciación inexacta, por lo que escuchar con atención cómo se pronuncian adecuadamente los términos puede ayudarnos a escribir cada vez mejor y recordar cuándo se tiene que escribir la letra ‘x’ y cuándo la letra ‘s’.
Debes recordar que la confusión con las palabras que llevan las letras ‘x’ o ‘s’ suele deberse a que, pese a que teóricamente se tienen que pronunciarse diferenciándose, la mayor parte de hispanohablantes pronuncia la letra ‘x’ como si fueran /s/. Sin embargo, esta pronunciación solamente está aceptada por la RAE cuando la ‘x’ está al inicio del término o finalizando una sílaba, y nunca en posición intervocálica, que es cuando es preciso evitar la pronunciación /s/ y pronunciarse como /k+s/ o /g+s/. Con frecuencia las dudas a la hora de escribir provienen de una {mala pronunciación|pronunciación deficiente, es por eso que escuchar con atención la manera en que se pronuncian adecuadamente los vocablos puede contribuir en gran medida para que podamos escribir correctamente y recordar cuándo es preciso escribir la letra ‘x’ y cuándo ‘s’.
Quisiéramos asimismo, recomendarte una práctica muy conveniente para que memorices y recordar siempre cómo se escribe de forma correcta la palabra agroecosistema, y jamás te sientas nuevamente dubitativo entre sí esta palabra debe escribirse con ‘x’ o con ‘s’. El truco radica en elaborar una frase sencilla con el vocablo agroecosistema, incluyendo al final de la misma ‘con s’ o ‘con x’, dependiendo de si el modo correcto de escribir el vocablo es con ‘s’ o con la letra ‘x’. De esta forma siempre te acordarás, está garantizado.