Nunca deberías dudar entre mesonera y la palabra mezonera cuando debas escribir, puesto que únicamente hay una forma viable para escribir esta palabra de forma correcta, y es: mesonera. El término mezonera simplemente no aparece en el diccionario de la RAE.
Recuerda que el error con las palabras que llevan las letras ‘x’ o ‘s’ se debe a que, aun cuando supuestamente se tienen que pronunciarse de manera diferenciada, la mayor parte de hablantes de español pronuncia la letra ‘x’ como si fueran /s/. Pese a todo, esta pronunciación solamente se considera correcta cuando la ‘x’ se encuentra al inicio del vocablo o a final de sílaba, y nunca jamás en posición intervocálica, que es cuando debe evitarse la pronunciación /s/ y se debe pronunciar como /k+s/ o /g+s/. Usualmente las dudas a la hora de escribir derivan de una {mala pronunciación|pronunciación deficiente, por lo que prestar atención la manera en que se pronuncian adecuadamente los vocablos nos puede ayudar a escribir correctamente y aprender cuándo se tiene que escribir la letra ‘x’ y cuándo la letra ‘s’.
Algo a tener en cuenta es que la confusión cuando debemos escribir las letras ‘x’ o ‘s’ suele deberse a que, por más que teóricamente deben pronunciarse de modo diferenciado, un grueso importante de hablantes de lengua hispana pronuncia la letra ‘x’ como si fueran /s/. A pesar de todo, esta manera de pronunciar únicamente es correcta cuando la ‘x’ se encuentra al inicio del vocablo o finalizando una sílaba, y en ningún caso en posición intervocálica, que es cuando se tiene que evitar la pronunciación /s/ y debe ser pronunciada como /k+s/ o /g+s/. Frecuentemente las dudas sobre cuándo escribir ‘s’ o ‘x’ nacen de una {mala pronunciación|pronunciación inexacta, por lo que prestar atención el modo en que se pronuncian adecuadamente las palabras puede contribuir en gran medida para que podamos escribir de un modo adecuado y aprender cuándo se tiene que escribir ‘x’ y cuándo ‘s’.
Quisiéramos asimismo, recomendarte una práctica muy conveniente para memorizar y recordar siempre cómo se escribe de la manera correcta la palabra mesonera, y jamás tengas otra vez dudas entre sí este término se escribe con ‘x’ o con ‘s’. El consejo se basa en elaborar una frase simple con el término mesonera, incluyendo al final de la misma ‘con s’ o ‘con x’, dependiendo de si el modo correcto de escribir el término es con la letra ‘s’ o con la letra ‘x’. De este modo no te olvidarás nunca, puedes estar seguro.