Nunca deberías dudar entre el término protones y el término protonex cuando debas escribir, debido a que tan solo hay una forma posible de escribir esta palabra de forma correcta, y es: protones. La palabra protonex simplemente no corresponde a ninguna palabra que se encuentre en el diccionario de la RAE.
Con el propósito de que encuentres un sistema que te ayude a recordar la manera en que es preciso escribir protones, queremos aportarte la definición del diccionario:
Te recordamos que la confusión cuando debemos escribir ‘x’ o ‘s’ se debe a que, por más que teóricamente tienen que pronunciarse de modo diferenciado, una parte importante de hablantes de español pronuncia la letra ‘x’ como si fuesen /s/. No obstante, esta pronunciación solamente es correcta cuando la ‘x’ está al inicio del vocablo o finalizando una sílaba, y nunca entre dos vocales, que es cuando hay que evitar el sonido /s/ y debe ser pronunciada como /k+s/ o /g+s/. Usualmente las dudas a la hora de escribir derivan de una {mala pronunciación|pronunciación errónea, por tanto, escuchar cómo se pronuncian adecuadamente los vocablos puede ayudarnos a escribir de un modo más correcto y aprender cuándo escribir ‘x’ y cuándo ‘s’.
Lo que deberías tener presente es que la confusión con las palabras que llevan ‘x’ o ‘s’ suele deberse a que, pese a que en teoría tienen que pronunciarse diferenciándose, una parte importante de hispanohablantes pronuncia las ‘x’ como si fuesen /s/. No obstante, esta forma de pronunciar solamente es correcta cuando la ‘x’ está al principio de la palabra o a final de sílaba, y en ningún caso en posición intervocálica, que es cuando se hace necesario evitar la pronunciación /s/ y debe ser pronunciada como /k+s/ o /g+s/. Habitualmente las dudas acerca de cuándo escribir ‘s’ o ‘x’ nacen de una {mala pronunciación|pronunciación inexacta, por lo cual escuchar la forma en que se pronuncian adecuadamente los vocablos puede servir de ayuda para escribir correctamente y ser capaces de saber cuándo es preciso escribir ‘x’ y cuándo ‘s’.
También desearíamos, proponerte una práctica muy conveniente para que memorices y recordar de un modo definitivo cómo escribir de forma correcta la palabra protones, y jamás te sientas nuevamente dubitativo entre sí este término debe escribirse con ‘x’ o con ‘s’. El truco radica en elaborar una frase sencilla con la palabra protones, que contenga al final ‘con s’ o ‘con x’, dependiendo de si el modo correcto de escribir el vocablo es con o con la letra ‘x’. De esta forma te acordarás siempre, te aseguramos que es infalible.