Nunca jamás deberías dudar entre la palabra quipus y la palabra quipux a la hora de escribir, dado que tan solo nos encontramos con una forma viable de escribir esta palabra como es debido, y es: quipus. El término quipux simplemente no corresponde a ninguna palabra que se encuentre en el diccionario de la RAE.
Debes recordar que el error con las palabras que llevan ‘x’ o ‘s’ se debe a que, pese a que supuestamente deben pronunciarse de manera diferenciada, la mayor parte de hablantes de español pronuncia las ‘x’ como si fueran /s/. A pesar de todo, esta pronunciación únicamente está bien cuando la ‘x’ está al inicio de la palabra o finalizando una sílaba, y nunca jamás entre dos vocales, que es cuando hay que obviar el sonido /s/ y debe ser pronunciada como /k+s/ o /g+s/. Con frecuencia las dudas acerca de cuándo escribir ‘s’ o ‘x’ derivan de una {mala pronunciación|pronunciación inexacta, por tanto, escuchar atentamente cómo se pronuncian adecuadamente las palabras puede contribuir en gran medida para que podamos escribir cada vez mejor y aprender cuándo se tiene que escribir ‘x’ y cuándo la letra ‘s’.
Algo que no debes olvidar es que el error cuando debemos escribir las letras ‘x’ o ‘s’ suele deberse a que, aun cuando en teoría se tienen que pronunciarse de forma diferenciada, la mayor parte de hispanohablantes pronuncia las ‘x’ como si fueran /s/. Sin embargo, pronunciar de este modo solamente está bien cuando la ‘x’ está al principio de la palabra o a final de sílaba, y jamás en posición intervocálica, que es cuando tenemos que evitar la pronunciación /s/ y debe ser pronunciada como /k+s/ o /g+s/. En muchas ocasiones las dudas acerca de cuándo escribir ‘s’ o ‘x’ provienen de una {mala pronunciación|pronunciación errónea, por ese motivo, escuchar cómo se pronuncian correctamente los términos es algo que puede servir como apoyo para escribir cada vez mejor y aprender cuándo hay que escribir ‘x’ y cuándo ‘s’.
También quisiéramos, proponerte un ejercicio muy conveniente para que memorices y recordar de un modo definitivo cómo se escribe de modo correcto la palabra quipus, y nunca más vuelvas a dudar entre sí esta palabra se debe escribir con ‘x’ o con ‘s’. Consiste en formar una frase sencilla con el término quipus, que contenga al final de la misma ‘con s’ o ‘con x’, dependiendo de si el modo correcto de escribir el vocablo es con o con la letra ‘x’. De esta manera te acordarás siempre, puedes estar seguro.