Nunca jamás deberías dudar entre sankhya y la palabra zankhya a la hora de escribir, pues solo existe una forma posible para escribir esta palabra de forma correcta, y es: sankhya. El término zankhya simplemente no se encuentra en el diccionario de la RAE.
Algo a tener en cuenta es que el error con las palabras que llevan las letras ‘x’ o ‘s’ se debe a que, pese a que en teoría deben pronunciarse de manera diferenciada, un grueso importante de hablantes de lengua hispana pronuncia la letra ‘x’ como si fueran /s/. A pesar de todo, esta forma de pronunciar únicamente está bien cuando la ‘x’ se encuentra al principio de la palabra o finalizando una sílaba, y nunca jamás en posición intervocálica, que es cuando se tiene que evitar el sonido /s/ y debe ser pronunciada como /k+s/ o /g+s/. Frecuentemente las dudas a la hora de escribir derivan de una {mala pronunciación|pronunciación inexacta, por lo cual escuchar atentamente la forma en que se pronuncian apropiadamente los vocablos es algo que puede servir como apoyo para escribir de un modo adecuado y ser capaces de saber cuándo hay que escribir ‘x’ y cuándo la letra ‘s’.
Debes recordar que la confusión cuando debemos escribir las letras ‘x’ o ‘s’ suele venir de que, por más que supuestamente tienen que pronunciarse de modo diferenciado, una parte importante de hablantes de lengua hispana pronuncia la letra ‘x’ como si fuesen /s/. Pese a todo, esta pronunciación solamente es correcta cuando la ‘x’ está al inicio de la palabra o finalizando una sílaba, y en ningún caso en posición intervocálica, que es cuando se tiene que evitar la pronunciación /s/ y pronunciarse como /k+s/ o /g+s/. En muchas ocasiones las dudas a la hora de escribir provienen de una {mala pronunciación|pronunciación inexacta, por tanto, escuchar con atención la manera en que se pronuncian correctamente los términos puede contribuir para que podamos escribir de forma correcta y recordar cuándo hay que escribir la letra ‘x’ y cuándo ‘s’.
Quisiéramos además, sugerirte un ejercicio muy conveniente para recordar siempre cómo se escribe de la manera correcta la palabra sankhya, y jamás se te vuelvan a generar dudas entre sí esta palabra se escribe con ‘x’ o con ‘s’. El consejo se basa en construir una frase simple con el vocablo sankhya, añadiendo al final ‘con s’ o ‘con x’, dependiendo de si el modo correcto de escribir el vocablo es con ‘s’ o con la letra ‘x’. De esta manera te acordarás siempre, te lo garantizamos.