Nunca deberías dudar entre sinagoga y la palabra zinagoga cuando quieras escribir, pues solamente existe una manera viable de escribir este término como es debido, y es: sinagoga. El término zinagoga sencillamente no corresponde a ninguna palabra que se encuentre en el diccionario de la RAE.
Algo a tener en cuenta es que el error a la hora de escribir las letras ‘x’ o ‘s’ se debe a que, a pesar de que en teoría deben pronunciarse de forma diferenciada, la mayoría de hablantes de español pronuncia las ‘x’ como si fueran /s/. No obstante, esta manera de pronunciar únicamente es correcta cuando la ‘x’ está al inicio del vocablo o finalizando una sílaba, y jamás en posición intervocálica, que es cuando hay que obviar la pronunciación /s/ y debe ser pronunciada como /k+s/ o /g+s/. Con frecuencia las dudas a la hora de escribir resultan de una {mala pronunciación|pronunciación desacertada, por lo que escuchar con atención la manera en que se pronuncian apropiadamente los vocablos es algo que puede servir como apoyo para escribir cada vez mejor y aprender cuándo es preciso escribir ‘x’ y cuándo ‘s’.
Hay algo que deberás tener siempre presente, y es que la confusión a la hora de escribir las letras ‘x’ o ‘s’ se debe a que, aun cuando en teoría tienen que pronunciarse de manera diferenciada, la mayor parte de hispanohablantes pronuncia la letra ‘x’ como si fueran /s/. Pese a todo, esta manera de pronunciar solamente está aceptada por la RAE cuando la ‘x’ está al principio de la palabra o a final de sílaba, y nunca entre dos vocales, que es cuando hay que evitar la pronunciación /s/ y debe ser pronunciada como /k+s/ o /g+s/. Habitualmente las dudas acerca de cuándo escribir ‘s’ o ‘x’ nacen de una {mala pronunciación|pronunciación deficiente, por ese motivo, escuchar atentamente la manera en que se pronuncian apropiadamente los términos es algo que puede servir como apoyo para escribir de un modo más correcto y recordar cuándo se tiene que escribir ‘x’ y cuándo la letra ‘s’.
Desearíamos asimismo, aconsejarte un ejercicio muy conveniente para memorizar y recordar de un modo definitivo cómo escribir de la manera correcta la palabra sinagoga, y nunca más te vuelvan a surgir dudas entre sí esta palabra se escribe con ‘x’ o con ‘s’. Consiste en construir una oración simple con el término sinagoga, que incluya al final como conclusión ‘con s’ o ‘con x’, dependiendo de si la forma correcta de escribir el término es con ‘s’ o con la letra ‘x’. De este modo te acordarás siempre, puedes estar seguro.