Nunca jamás deberías dudar entre secuenciador y la palabra xecuenciador cuando quieras escribir, puesto que solamente existe una forma posible para escribir este término correctamente, y es: secuenciador. El término xecuenciador simplemente no aparece en el diccionario de la RAE.
Lo que deberías tener presente es que el error con las palabras que llevan las letras ‘x’ o ‘s’ se debe a que, aun cuando en teoría deben pronunciarse de forma diferenciada, un grueso importante de hablantes de lengua hispana pronuncia la letra ‘x’ como si fueran /s/. Con todo, esta forma de pronunciar solamente está aceptada por la RAE cuando la ‘x’ está al principio de la palabra o finalizando una sílaba, y nunca entre dos vocales, que es cuando se tiene que evitar la pronunciación /s/ y se debe pronunciar como /k+s/ o /g+s/. A menudo las dudas a la hora de escribir resultan de una {mala pronunciación|pronunciación deficiente, por tanto, prestar atención el modo en que se pronuncian apropiadamente las palabras puede servir de ayuda para escribir de forma correcta y aprender cuándo se tiene que escribir la letra ‘x’ y cuándo la letra ‘s’.
Lo que deberías tener presente es que el error cuando debemos escribir ‘x’ o ‘s’ suele deberse a que, por más que en teoría se tienen que pronunciarse de manera diferenciada, la mayoría de hablantes de español pronuncia la letra ‘x’ como si fueran /s/. A pesar de todo, esta pronunciación únicamente está aceptada por la RAE cuando la ‘x’ está al inicio del vocablo o finalizando una sílaba, y nunca en posición intervocálica, que es cuando debe evitarse el sonido /s/ y se debe pronunciar como /k+s/ o /g+s/. A menudo las dudas a la hora de escribir nacen de una {mala pronunciación|pronunciación errónea, es por eso que escuchar atentamente la forma en que se pronuncian adecuadamente las palabras es algo que puede servir como apoyo para escribir mejor y ser capaces de saber cuándo se tiene que escribir la letra ‘x’ y cuándo la letra ‘s’.
Igualmente es nuestro deseo, recomendarte un ejercicio muy útil para recordar de forma definitiva cómo escribir de forma correcta la palabra secuenciador, y nunca jamás tengas otra vez dudas entre sí este vocablo se debe escribir con ‘x’ o con ‘s’. Se trata de formar una frase simple con el vocablo secuenciador, que contenga al final de la misma ‘con s’ o ‘con x’, dependiendo de si el modo correcto de escribir la palabra es con la letra ‘s’ o con la letra ‘x’. Así siempre te acordarás, puedes estar seguro.