Nunca deberías dudar entre secuenciar y la palabra zecuenciar cuando quieras escribir, dado que tan solo existe una forma viable para escribir esta palabra de forma correcta, y es: secuenciar. La palabra zecuenciar sencillamente no arroja ningún resultado cuando lo buscamos en el diccionario de la RAE.
Lo que deberías tener presente es que la confusión con las palabras que llevan ‘x’ o ‘s’ se debe a que, por más que teóricamente tienen que pronunciarse de manera diferenciada, un grueso importante de personas que hablan español pronuncia la letra ‘x’ como si fuesen /s/. Con todo, esta pronunciación solamente es correcta cuando la ‘x’ está al principio de la palabra o a final de sílaba, y nunca jamás entre dos vocales, que es cuando es preciso evitar la pronunciación /s/ y se debe pronunciar como /k+s/ o /g+s/. En muchas ocasiones las dudas acerca de cuándo escribir ‘s’ o ‘x’ derivan de una {mala pronunciación|pronunciación equivocada, es por eso que prestar atención la forma en que se pronuncian correctamente los vocablos es algo que puede servir como apoyo para escribir de un modo más correcto y ser capaces de saber cuándo hay que escribir la letra ‘x’ y cuándo ‘s’.
Algo a tener en cuenta es que el error a la hora de escribir las letras ‘x’ o ‘s’ se debe a que, aun cuando supuestamente se tienen que pronunciarse de modo diferenciado, la mayoría de hispanohablantes pronuncia las ‘x’ como si fuesen /s/. Pese a todo, pronunciar de esta manera solamente está bien cuando la ‘x’ se encuentra al principio del término o a final de sílaba, y jamás en posición intervocálica, que es cuando hay que evitar la pronunciación /s/ y debe ser pronunciada como /k+s/ o /g+s/. En muchas ocasiones las dudas en el momento de escribir parten de una {mala pronunciación|pronunciación inexacta, por ese motivo, prestar atención cómo se pronuncian apropiadamente las palabras puede servir de ayuda para escribir correctamente y aprender cuándo se tiene que escribir la letra ‘x’ y cuándo ‘s’.
Igualmente es nuestro deseo, proponerte una práctica muy conveniente para que recuerdes de forma definitiva cómo escribir de modo correcto la palabra secuenciar, y nunca más regresen a ti las dudas entre sí esta palabra debe escribirse con ‘x’ o con ‘s’. Se trata de elaborar una frase simple con el término secuenciar, que incluya al final de la misma ‘con s’ o ‘con x’, dependiendo de si el modo correcto de escribir la palabra es con o con la letra ‘x’. De este modo te acordarás siempre, puedes estar seguro.