Jamás te sientas dubitativo entre la palabra sodomita y el término xodomita cuando debas escribir, puesto que solo hay una manera posible de escribir esta palabra de forma correcta, y es: sodomita. La palabra xodomita simplemente no se encuentra en el diccionario de la RAE.
Lo que deberías tener presente es que la confusión con las palabras que llevan las letras ‘x’ o ‘s’ se debe a que, a pesar de que teóricamente deben pronunciarse de manera diferenciada, la mayor parte de hablantes de lengua hispana pronuncia las ‘x’ como si fueran /s/. Pese a todo, pronunciar de este modo tan solo está bien cuando la ‘x’ está al principio de la palabra o a final de sílaba, y jamás entre dos vocales, que es cuando es preciso evitar la pronunciación /s/ y debe ser pronunciada como /k+s/ o /g+s/. Frecuentemente las dudas a la hora de escribir derivan de una {mala pronunciación|pronunciación deficiente, por lo cual escuchar con atención la forma en que se pronuncian adecuadamente los vocablos es algo que puede servir como apoyo para escribir de un modo adecuado y aprender cuándo hay que escribir la letra ‘x’ y cuándo ‘s’.
Algo a tener en cuenta es que el error cuando debemos escribir ‘x’ o ‘s’ suele deberse a que, aun cuando supuestamente tienen que pronunciarse de forma diferenciada, la mayoría de hispanohablantes pronuncia las ‘x’ como si fuesen /s/. Pese a todo, este modo de pronunciar tan solo está bien cuando la ‘x’ se encuentra al principio del vocablo o a final de sílaba, y jamás entre dos vocales, que es cuando se hace necesario evitar el sonido /s/ y debe ser pronunciada como /k+s/ o /g+s/. Con frecuencia las dudas a la hora de escribir provienen de una {mala pronunciación|pronunciación errónea, por lo que escuchar atentamente la forma en que se pronuncian correctamente los vocablos es algo que puede servir como apoyo para escribir cada vez mejor y aprender cuándo es preciso escribir la letra ‘x’ y cuándo la letra ‘s’.
Igualmente nos gustaría, proponerte un ejercicio muy útil para que memorices y recordar siempre cómo se escribe de la manera correcta la palabra sodomita, y nunca jamás vuelvas a dudar entre sí esta palabra se escribe con ‘x’ o con ‘s’. El consejo se basa en formar una oración sencilla con el vocablo sodomita, que incluya al final ‘con s’ o ‘con x’, dependiendo de si la forma correcta de escribir el vocablo es con o con ‘x’. De esta manera no te olvidarás nunca, puedes darlo por seguro.