Nunca deberías dudar entre el término sodomía y el término zodomía cuando te veas en la necesidad de escribir, dado que solamente existe una manera posible para escribir este término de forma correcta, y es: sodomía. La palabra zodomía sencillamente no aparece en el diccionario de la RAE.
Algo a tener en cuenta es que el error a la hora de escribir las letras ‘x’ o ‘s’ se debe a que, aun cuando teóricamente se tienen que pronunciarse de manera diferenciada, la mayoría de hispanohablantes pronuncia las ‘x’ como si fueran /s/. Sin embargo, esta pronunciación solamente es correcta cuando la ‘x’ está al principio del término o a final de sílaba, y nunca en posición intervocálica, que es cuando hay que obviar la pronunciación /s/ y pronunciarse como /k+s/ o /g+s/. Habitualmente las dudas sobre cuándo escribir ‘s’ o ‘x’ parten de una {mala pronunciación|pronunciación desacertada, por lo cual escuchar atentamente el modo en que se pronuncian apropiadamente los términos puede servir de ayuda para escribir correctamente y aprender cuándo es preciso escribir la letra ‘x’ y cuándo ‘s’.
Debes recordar que el error cuando debemos escribir las letras ‘x’ o ‘s’ se debe a que, por más que teóricamente deben pronunciarse de forma que se puedan distinguir, un grueso importante de hablantes de español pronuncia las ‘x’ como si fueran /s/. Sin embargo, este modo de pronunciar únicamente está bien cuando la ‘x’ está al principio del vocablo o finalizando una sílaba, y nunca en posición intervocálica, que es cuando se tiene que evitar la pronunciación /s/ y debe ser pronunciada como /k+s/ o /g+s/. Con frecuencia las dudas a la hora de escribir derivan de una {mala pronunciación|pronunciación equivocada, por lo que escuchar atentamente cómo se pronuncian correctamente las palabras puede contribuir en gran medida para que podamos escribir de forma correcta y recordar cuándo hay que escribir ‘x’ y cuándo ‘s’.
Igualmente desearíamos, sugerirte un ejercicio muy útil para recordar siempre cómo se escribe de la manera correcta la palabra sodomía, y jamás tengas otra vez dudas entre sí esta palabra debe escribirse con ‘x’ o con ‘s’. El truco radica en formar una frase simple con la palabra sodomía, que incluya al final ‘con s’ o ‘con x’, dependiendo de si la forma correcta de escribir la palabra es con ‘s’ o con la letra ‘x’. Así te acordarás siempre, está garantizado.